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无论从税收优惠还是资金补助，认定高新技术企业对于企业的意义都非比寻常。并且认定为高新技术企业有助于企业自身的品牌形象，鼓励企业投入更多精力在研发上，从而进一步提高企业创新能力。不仅如此，经过安徽卧涛多年的科技项目申报的经验，高企是今后许多大项目的申报前提。
以上所述对于企业来说每一条都极具诱惑力，然而想要成功认定高新技术企业并非易事。根据《高新技术企业认定指引办法》，其认定主要包括财务和技术两个大方向。主要层面是技术，其内容包括企业的核心技术及自主研发能力、产品(或技术)研发规划、人员组织架构、研发场地、研发设备等，所有申报材料都要紧紧围绕技术主干来组织，体现出来“高”和“新”。而财务部分是枝叶，包括研发投入预算、日常存货收发计量、动力计量、会计核算、税务申报等，主干有了枝叶才能丰满和茁壮。
安徽卧涛发现部分企业，光从技术层面而言完全符合《国家重点支持的高新技术领域》。但从财务上看，其研发费用核算不规范，也没有达到《指引》的最低金额要求，高新技术产品销售收入的复合增长率也不够，这样肯定无法通过高新技术企业审核。同样，财务核算很严谨，但技术及产品存在一定的问题，不是“高新”，同样也不能通过，所以技术和财务这两个部分是相辅相成，缺一不可。
高新技术企业认定是一个长期、系统的过程。说它是长期工程，因为认定的相关财务数据溯及以往不少于三年(成立不足三年的除外)，即使认证通过，每三年还要进行复审，企业要做好打持久战的准备。说它是系统工程，因为高新技术认证会涉及到研发、品管、生产、设备动力、销售、采购、人力、财务等几乎所有部门，高新技术认证就是将这些部门有机结合在一起，以研发为主线，有目的、有步骤、有计划、有组织的开展系统工作。
研发组织机构要做到“四独立”：
1、部门独立：企业的发展要靠技术或产品的更新换代和持续改进，才能不被市场所淘汰，研发部门在企业的组织结构中的地位不言而喻，所以在企业的层级管理或在组织机构图中，研发部门要单独列示，与其他部门平行，不能作为生产或品管的下级部门。如果企业有小试或中试车间，这些车间应作为研发部门的下级部门来管理。
2、人员独立：研发人员也要独立，每位研发人员要有具体的研发工作，最好不要兼任车间检验员、工艺员等类似岗位，避免相应的职工薪酬分摊问题。
3、研发场所独立;研发场所一定要独立，最好单独办公，并在显眼位置标注“企业研发中心”等字样。如果研发场所因条件所限位于生产车间或企业办公楼内，一定要有明显的门牌或区域标示。
4、研发设备独立：研发设备一般要位于研发场所内，最好在每台研发设备上都有相应的标示牌，指明设备名称、用途等，并与研发设备台账相吻合。如果因试验或工艺原因需要放置在生产车间，更应该标识清楚为研发设备。
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